Рукопись Войнича — не один длинный шифр, а тщательно собранная книга. По характеру рисунков исследователи условно делят её на ботаническую, астрономическую, космологическую, «биологическую», фармацевтическую части и раздел коротких записей, похожих на рецепты.
На одних страницах неизвестные растения показаны почти в натуральную величину. На других — круговые диаграммы, знаки зодиака, звёзды и сложные раскладные схемы. Самые странные листы населены маленькими обнажёнными фигурами: они стоят в зелёных бассейнах и соединённых трубами сосудах. В конце идут корни, аптечные ёмкости и короткие абзацы, каждый отмечен звёздочкой.
Неизвестно даже, следует ли называть знаки буквами. Пробелы могут разделять слова — а могут быть частью другой системы. Поэтому громкие заявления о «полной расшифровке» появляются регулярно, но не выдерживают главной проверки: предложенный метод должен одинаково объяснять весь текст, а не несколько удачно выбранных фрагментов.